El Departamento de Educación, afín con la misión del MAPR, tiene la responsabilidad de desarrollar e implantar los programas públicos que fomenten la apreciación, el conocimiento de las artes visuales puertorriqueñas y en general; diseñar material interpretativo de las exhibiciones para facilitar el disfrute y entendimiento cabal de los bienes culturales y artísticos a los visitantes procedentes de todos los sectores de la sociedad.
En reconocimiento a la labor educativa del Museo de Arte de Puerto Rico, el Comité de educación de la Asociación Americana de Museos y el Consejo Iberoamericano a la calidad educativa otorgaron los Premios de excelencia educativa en el año 2005.